自然地理实验室始建于1984年，包括6个分室：气象气候实验分室、土壤理化实验分室、植物与生态环境实验分室、水土分析实验分室、地质地貌实验分室、沉积分析实验室等。总面积为560平方米，实验教学、科研仪器设备（≥800元）63台（件）。实验设备总值96万元，其中1万元以上的大型精密仪器5台（套），分别是点式流速仪、智能化环境监测仪、电接风向风速仪、土壤肥料养分速测仪、激光粒度仪等。实验队伍专职人员7人，其中教授1人，副教授4人，讲师1人，实验师1人。学历：博士4人，硕士3人。

自然地理实验室承担的实验课程主要有：地质学基础、地貌学、气象学与气候学、水文学、土壤与生物地理学、环境科学概论、自然资源学、生态学、环境影响评价等。

近年来，随着实验环境的改善和师资力量的增强，实验教学水平有了极大的提高同时有力地推动了科研工作。研究人员以实验室为依托相继发表了科研论文60余篇，获淮安市自然科学优秀学术论文二等奖3项，三等奖5项。承担教学科研项目20余项，其中，国家级课题3项，省部级课题3项。